A região onde se formou Pedranópolis, conhecida como antigo sertão do Marinheiro, recebeu seus primeiros  moradores por volta de 1936.

O povoado mais diretamente relacionado com a futura cidade foi fundado em 6 de agosto de 1937, por João Gonçalves Leite.

Em 30 de novembro de 1944, tornou-se distrito do município de Fernandópolis e, somente em 28 de fevereiro de 1964, Pedranópolis, cujo nome era uma referência ao córrego das Pedras, passou à categoria de município autônomo.